Důkazem toho, že Staré Brno, tato původně předměstská osada, hrála důležitou roli je, že do konce poloviny XIII. stol. jsou na Starém Brně písemnými prameny doloženy čtyři církevní stavby:
- kostel Panny Marie
- kaple sv. Prokopa a Oldřicha
- kaple sv. Václava
- kostel svatého Jana Křtitele
Kostel P. Marie na Starém Brně
Stával v místě nynějšího starobrněnského kláštera. První zmínka o této stavbě je z roku 1210, kdy je zmiňován in burgo Brunensi (v hradě či hradišti Brně) kostel Panny Marie. Když v roce 1209 založil významný moravský velmož Lev z Klobouk klášter premonstrátů v Zábrdovicích, daroval mu některé své pozemky. A právě jedním z těchto statků byla část území Starého Brna včetně farního kostela Panny Marie, jak o tom svědčí darovací listina z roku 1210. Z let 1304 - 1307 máme zprávy o tom, že kostel Panny Marie byl převeden z majetku zábrdovického kláštera na klášter premonstrátek v Dolních Kounicích. 18. února 1323 dolnokounický klášter dává králi Janovi Lucemburskému a Elišce Rejčce svůj statek i s kostelem na Starém Brně výměnou za trh, clo a zboží v Pravlově. Ještě v roce 1323 byl králem Janem vložen do majetku kláštera cisterciaček, který s Eliškou na Starém Brně u tohoto kostela založili. Tak se stal tento kostel Panny Marie majetkem již třetího kláštera. Tím, že se kostel P. Marie stal kostelem klášterním, zanikla jeho farní působnost pro tuto část Starého Brna. Tato byla přenesena k nově založenému kostelu sv. Vavřince v Komíně pro oblast Komína Jundrova a Žabovřesk, a k již farnímu (od roku 1314) chrámu svatého Václava, kam od té doby spadal i zbytek Starého Brna a rovněž Bohunice a Lískovec. Po dobudování nového velkolepého klášterních chrámu Nanebevzetí P. Marie a založení špitálu Eliškou Rejčkou, starší kostelík P. Marie dostal patrocinium sv. Anny a stal se kostelem špitálním. Když v roce 1783 převzali klášter augustiniáni, starý špitální kostel sv. Anny musel ustoupit stavbě nových klášterních budov a byl proto roku 1800 zbourán.
Kostel sv. Prokopa a Oldřicha
Stával na místě nynější křižovatky Křížová – Václavská. Kostel vznikl v průběhu 1. poloviny 13. století, poprvé je zmiňován v menším privilegiu pro Brno roku 1243. Král Václav II. jej roku 1288 propůjčil, spolu se vsí Velatice k ní přináležející, královskému protonotáři Veleslavovi, jako odměnu za jeho velké zásluhy. Z listiny olomouckého biskupa Petra z roku 1314 (CDM VI č. 77) je známo, že kostel sv. Prokopa sloužil před vznikem kostela sv. Václava jako farní pro část Starého Brna.
Někdy kolem roku 1314 došlo k přenesení farních práv od sv. Prokopa ke kostelu sv. Václava, kostel sv. Prokopa pak byl filiální farního kostela sv. Václava. Od roku 1319 patřil kostel sv. Prokopa nemanželskému synovi Václava II. Janovi z Brna. Ten však o něj nejevil zájem, a tak jej roku 1321 daroval král Jan Lucemburský královně vdově Elišce Rejčce, která jej pak roku 1323 věnovala svému nově založenému klášteru na Starém Brně. Dějiny kostela pak souvisejí s dějinami kláštera. Ještě v letech 1760-1770 dala abatyše Antonie z Ulrici tento starobylý kostelík důkladně opravit a uvnitř vyzdobit dvěma nástěnnými malbami s výjevy ze života sv. Prokopa a vybavit novými oltáři. Až do roku 1782 se v něm občas křtilo a do jeho hrobky a na hřbitůvku kolem něj pohřbívalo. Po roce 1782, kdy byl klášter cisterciaček v rámci josefínské reorganizace zrušen, kostel sv. Prokopa a Oldřicha (patrocinium sv. Oldřicha se poprvé uvádí až roku 1348 a zřejmě bude až dodatečné) pak převzal Náboženský fond, nicméně roku 1784 byl odsvěcen a prodán za 700 zlatých Josefu Postlerovi, který jej dal roku 1785 zbourat.
Kostel sv. Václava
Stával na křižovatce Vídeňská-Vojtova naproti ul. Vinohrady při tehdy nově zřízeném (a v 19. stol. zrušeném) starobrněnském hřbitově (ul. Vojtova dnes prochází středem tohoto bývalého hřbitova). Chrám je z konce 13. století, první zmínka o kostele svatého Václava pochází z roku 1314. Patrně kolem tohoto roku byla k němu přesunuta farní správa části Starého Brna od kostela svatého Prokopa. Patronátní právo chrámu držel olomoucký biskup. Když v roce 1323 založila královna Eliška Rejčka na Starém Brně klášter cisterciaček, zanikla farní působnost zdejšího kostela Panny Marie, který se stal kostelem klášterním. Fara byla přenesena k chrámu svatého Václava, kam od té doby spadal i zbytek Starého Brna. Od roku 1389 patřil chrám pod správu starobrněnského kláštera cisterciaček, kterému patřil až do jejich zrušení. V 18. století byl kostel svatého Václava tvořen obdélnou lodí, pětiboce zakončeným kněžištěm a věží v západním průčelí; kolem kostela se nacházel starobrněnský hřbitov. Za josefinských reforem byl chrám po roce 1783 uzavřen a fara byla přesunuta ke klášternímu kostelu Nanebevzetí Panny Marie. V roce 1790 byl chrám upraven na vojenské skladiště a roku 1794 byl zbořen. Starobrněnský hřbitov však fungoval i nadále, byl také rozšiřován. Uzavřen byl v roce 1883 souvislosti se zprovozněním Ústředního hřbitova.
Kostel svatého Jana Křtitele
Na dolním konci dnešní ulice Pekařské založil roku 1238 brněnský měšťan Rudger s manželkou Hodavou špitál sv. Ducha a hřbitov. Následujícího roku věnoval špitálu brněnský kastelán Přibyslav z Křižanova rozsáhlý majetek. Roku 1243 přestoupil Rudger k johanitům a v sousedství špitálu tak začala výstavba vlastní johanitské komendy s kostelem. Poprvé je připomínám v roce 1281 jako kostel svatého Václava a Antonína. Chrám, jehož zasvěcení bylo v průběhu 14. století změněno na svatého Jana Křtitele, se nacházel na severní straně Pekařské ulice přibližně v místech domů č. o. 78–80, zatímco komenda stála přes ulici na jižní straně. Celý areál byl těžce poškozen při švédském obléhání v roce 1645. Zatímco z komendy se stal pouze johanitský statek, kostel byl roku 1672 obnoven, dočkal se opravy a nového zaklenutí, později však byl opuštěn. V roce 1784 ale byl definitivně zrušen. Po roce 1802 byl využíván jako stáj, později byl zbořen. Johanitský statek byl teprve kolem roku 1900 prodán pro rozšíření sousední nemocnice u svaté Anny.
Mimo tyto kostely byl brněnskými měšťany založen v polovině 13. století na skalnatém výběžku na konci dnešní Kopečné ulice kostel Všech svatých. Dříve se tomuto místu říkalo Provaznický vršek. První zprávy o něm jsou z roku 1260, kdy byl věnován oslavanským cisterciačkám. Kostel měl pětiboký presbytář a loď obdélníkového půdorysu. Byl zbořen při obléhání města švédskými vojsky v roce 1645.
Části základů presbytáře kostela jsou dnes vidět v restauraci, která se nachází v přízemí nově postaveného obytného domu, který se jmenuje Anenské terasy. Zbytek kostela je pod povrchem parčíku vedle domu.
V první čtvrtině 14. století vznikl na místě dnešní nemocnice u svaté Anny klášter dominikánek. V roce 1312 daroval Jan Lucemburský řádu tzv. Královskou zahradu (dvůr s věží, sad a zahrada) v dnešní Pekařské ulici. Konvent byl založen před rokem 1317, stavba vlastního kláštera začala po tomto datu. Jeho součástí byl také klášterní kostel svaté Anny, který se nacházel u křižovatky dnešních ulice Pekařské a Anenské. Areál kláštera byl poničen při švédském obléhání v polovině 17. století, následně byl ale opraven a jeho jihovýchodní část rozšířena a přestavěna do barokní podoby. Klášter byl zrušen za josefinských reforem v roce 1782 a do jeho komplexu byl přestěhován vojenský špitál. Od roku 1786 zde fungoval všeobecný zaopatřovací ústav (dnešní Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně), který bývalý klášter s kostelem upravil pro své účely. Chrám byl přestavěn a získal nové okenní ostění, následně byla do něj umístěna část lůžkového oddělení. V polovině 19. století již areál bývalého kláštera a kostela pro nemocniční účely nevyhovoval, takže byl v roce 1864 zbořen a v letech 1865–1868 nahrazen novostavbou od Theophila Hansena.
Plán Starého Brna z roku 1400
