V klášterním kostele Nanebevzetí Panny Marie na Starém Brně se v prvním období po dostavbě chrámu v polovině 14. století hudební život převážně omezoval jen na jednohlasý chorální zpěv. Bohatě dotovaný klášter však nemohl zůstat pozadu za dobovými vymoženostmi, zejména ne za těmi, jimiž bylo možno zvýšit půvab bohoslužeb i lesk chrámové hudby. Zpráva, že roku 1467 vojska Jiřího z Poděbrad za česko-uherských válek zpustošila klášter a kostel tak, že ještě rok potom byly jeho oltáře, kostelní varhany a malovaná okna v sutinách, napovídá, že pořízení varhan do tohoto chrámu bude možno položit už do dob předhusitských.
Varhanické umění bylo tehdy většinou výsadou kněží, varhany zde byly umístěny mimo chór sester v severní části velké příčné lodi. Vlivem technického pokroku varhanářského bylo třeba varhany vyměňovat nebo obnovovat. Varhany zde byly dle archivních dokumentů pořízeny za abatyše Anny ze Stibotína v letech 1587-1584, další tu byly postaveny za její nástupkyně Alžběty Saherové v letech 1649-1658.
Na Panenském kůru (chór sester, přístupný jen pro řeholnice) v západní části hlavní lodi byl postaven positiv (malé varhany, fungující jako doprovodný nástroj chórového zpěvu) až roku 1696 v době Barbary Vodičkové, která stála v čele kláštera v letech 1689-1714. Jsou dílem slavného loketského varhanáře Abrahama Starka z Lokte (1659 – 1709). Na těchto varhanách se hrálo již od Vánoc 1696. Tyto jednomanuálové mechanické zásuvkové varhany byly po zrušení kláštera cisterciaček v roce 1784 prodány augustiniány do kostela ve Sněžném na Žďársku, kde stojí dodnes. Rok jejich vzniku lze vyčíst z nápisu na erbu abatyše Barbary Vodičkové, umístěném na střední věži prospektu: B(arbara) W(odička) A(batyše) K(rálovského) K(láštera) 1696. Varhany si dodnes zachovaly původní dispozici.
Starkovy varhany ve Sněžném
Starkovy varhany ve Sněžném - erb abatyše Barbory Vodičkové
Starkovy varhany ve Sněžném - po opravě 2024
Řeholní sestry se intenzivně věnovaly nejen gregoriánskému chorálu, ale také figurální hudbě, doprovázené nástroji. O tom svědčí dochované seznamy řeholnic, dle kterých bylo např. roku 1697 mezi 59 řeholnicemi 15 zpěvaček a instrumentalistek.
Figurální hudba (vícehlasá, případně s doprovodem nástrojů) se nedala dobře provozovat v přízemí severní části příčné lodi. Proto Barbora Vodičková dala nad ním vystavět klenutou emporu a na ní zřídit figurální kůr. Roku 1697 zde pak nechala od Abrahama Starka postavit větší zásuvkové mechanické varhany, které měly dva manuály a lomený pedál.
Na stavbě velkých varhan se vedle Abrahama Starka podíleli jeho tovaryši Barthl Führenschildt (který v kláštere již zůstal a až do své smrti působil jako varhaník údržbář), bratr mistra Wenzel Stark a Leopold Bocker. Varhanní skříň dodal stolař Johann Diepold z Brna, sochařskou výzdobou ji vybavil brněnský sochař Mathias Thomas Berger a zámečnické práce provedl starobrněnský mistr Andreas Pieringer.
Tyto nové varhany byly pýchou konventu, kromě hry při mších sloužily i jako cvičný nástroj členek řádu, o jejichž znalost nástrojové hry Vodičková velmi dbala. Jako instruktoři ve zpěvu i v nástrojové hře vystupují klášterní zpovědníci a varhaníci z řad cisterciáckých mnichů. Roku 1755 jsou velké Störckovy varhany opraveny brněnským varhanářem Františkem Sieberem. Varhany byly přeladěny a varhanní skříň vyzdobena.
Po zrušení kláštera cisterciaček Josefem II. v roce 1782 byl na Staré Brno přesídlen řád augustiniánů od sv. Tomáše. Protože původní prostranný Panenský kůr byl nevyužitý a zastiňoval dolní část dlouhé zadní lodi, dal jej v letech 1789-1790 první starobrněnský farář z augustiniánského řádu Kopřiva zkrátit o tři čtvrtiny své délky. Již roku 1790 čteme o stavbě nových schodů z kostela na kůr. Původně se počítalo s tím, že na tento kůr budou přeneseny velké tomášské varhany, na něž měli augustiniáni nárok podle dvorského dekretu ze 24. listopadu 1783, což se nakonec nestalo. V roce 1790 tak byly z původního severního kůru přeneseny na zkrácený kůr velké varhany Abrahama Starka. Stalo se tak s pomocí kutnohorského varhanáře Pavla Františka Horáka. Byl k nim přistavěn nový pozitiv v zábradlí, původní zadní pozitiv byl roku 1790 přenesen na kůr farního kostela sv. Michaela v Šardicích.
Starkovy varhany - Šardice
Velké Starkovy varhany byly v první polovině 19. století opraveny brněnským varhanářem Františkem Harbichem. Roku 1865 vstoupil jedenáctiletý Leoš Janáček do starobrněnské hudební fundace. Zde měl možnost naučit se nejen hře na klavír, ale i na varhany. Jeho učitelem byl ředitel starobrněnském kůru P. Pavel Křížkovský (1820–1885) a jeho cvičným nástrojem byly Starkovy varhany. Ještě v roce 1872, kdy Leoš Janáček jako posluchač učitelského ústavu zastupoval Pavla Křížkovského, hrával Janáček na tyto varhany. V té době již pomýšlel Křížkovský, který působil v Olomouci, na nové varhany pro Staré Brno. Před rokem 1876 byly původní Starkovy varhany zbourány a použitelné píšťaly hlavního stroje se dostaly do malých chórových varhan, postavených roku 1879 brněnskou firmou Filip Komínek na bočním kůru. Tím byl osud Starkových starobrněnských varhan zpečetěn. Komínek pravděpodobně většinu píšťal roztavil pro vlastní potřebu, dřevěné části včetně vyřezávané skříně byly spáleny.
Protože Křížkovský neměl důvěru k žádnému varhanáři na Moravě, zadal stavbu nových varhan německé firmě Steinmeyer & Comp. v Oettingenu. Roku 1876 postavila firma Steinmeyer v klášterním kostele na Starém Brně nové varhany (II/25). Staly se prvními varhanami s kuželkovými vzdušnicemi nejen na Moravě, ale i v Čechách. Jejich poměrně romantická dispozice plně odpovídala Janáčkově umělecké povaze; Steinmeyerovy varhany považoval po celý život za ideál. Tyto varhany byly slavnostně převzaty 30. srpna odpoledne v 17 hodin. Podle dochovaného programu varhany předvedl Leoš Janáček a Josef Foerster.
Steinmeyerovy varhany
Steinmeyerovy varhany
V roce 1901 se uskutečnila oprava varhan, které původně vyrobila a nyní repasovala firma G. F. Steinmeyer & Co. z Ottingen v Bavorsku. Kolaudační protokol s výtečným hodnocením sepsal ředitel varhanní školy Leoš Janáček. Janáček si Steinmeyerových varhan nesmírně vážil, což je patrné i z jeho žádosti, aby byly uchráněny před konfiskací kovových píšťal pro válečné účely na konci první světové války.
V roce 1961 byly Steinmeyerovy varhany na Starém Brně nahrazeny novým třímanuálovým pneumatickým nástrojem se 43 rejstříky od firmy Rieger - Kloss, op. 3288, tyto byly zasazeny do pseudogotické skříně Janáčkem milovaných původních Steinmeyerových varhan, varhanní skříň byla zvýšena tím, že byla uložena na metr vysoké pódiu. Původní hrací pult Steinmeyrových varhan je uložen v Opatském muzeu.
Původní hrací pult Steinmeyrových varhan
Na začátku 21. století byly varhany firmou Varhany s.r.o. elektrifikovány, opraveny a byl zhotoven nový hrací stůl. Varhany mají přes 4000 píšťal.
Varhany velký kůr
Varhany velký kůr
Varhany velký kůr - hrací stůl
Po přenesení Starkových velkých varhan na západní kůr postavil roku 1879 na bočním, severním kůru brněnský varhanář Filip Komínek jednomanuálové mechanické zásuvkové varhany (I/9). V těchto varhanách byly použity některé píšťaly z původních Starkových velkých varhan. Tyto Komínkovy varhany zde stály až do roku 1990, kdy byly rozebrány.
Komínkovy varhany na malém kůru 1960
Komínkovy varhany na malém kůru - hrací stůl
Počátkem 90. let 20. století byl učiněn pokus vybudovat na malém kůru repliku velkých barokních varhan, vzhledem k nedostatku finančních prostředků bylo od výstavby upuštěno.
Nedokončené varhany malý kůr 1994
Nedokončené varhany malý kůr 1994
Varhany malý kůr nedokončené - návrh
V roce 2007 byly na malém kůru vystavěny chórové varhany opus 22 firmou Žloutek a syn, varhanáři ze Zásady na Mladoboleslavsku. Varhany mají mechanickou trakturu a zásuvkovou vzdušnici, dva manuály a pedál, mechanické spojky a žaluzii. Mají 1270 píšťal.
Varhany malý kůr Žloutek
Varhany malý kůr Žloutek
Varhany malý kůr Žloutek - hrací stůl
V roce 2020 byly dovezeny z Německa do Křížové kaple malé jednomanuálové varhany, které zde slouží v zimním období při bohoslužbách v tomto prostoru.
Varhany v Křížové kapli
