Neklidné 20. století klášteru příliš nepřálo. Ve společnosti se mnohé změnilo. Laicizace kulturního a vědeckého dění vedla ke ztrátě výjimečného postavení kláštera. Mezi dvěma světovými válkami se až příliš často dostávaly do popředí i hospodářské starosti kláštera.
Areál kláštera na fotografii z roku 1907
Přesto došlo v roce 1926 k vysvěcení nového kostela sv. Jana Nepomuckého ve Starém Lískovci, kdy veškeré práce hradil augustiniánský klášter. Od roku 1930 zde je samostatná fara, obsazená augustiniány, farářem se stal augustinián P. Benedikt Švanda.
Památka na vysvěcení kostela sv. Jana Nepomuckého ve Starém Lískovci – 1. 10. 2026

V roce 1935 byl vysvěcen další kostel – kostel sv. Augustina v Masarykově čtvrti, v roce 1938 je zde zřízena fara, farářem se stal augustinián P. Karel Fanfrdla.
Vysvěcení kostela sv. Augustina v Masarykově čtvrti – 5. 5. 1935

V roce 1938 bylo v prostorách bývalé Kapitulní síně kláštera otevřeno Biblické muzeum, jedinou takto zaměřenou muzejní institucí v tehdejším Československu. Založil je Msgr. Antonín Bartoš za přispění Palestinského spolku. Byly zde vystaveny exponáty, které Antonín Bartoš na svých cestách získal, modely měst i chrámů, byla zde i umělecká díla jako například monumentální obraz Jeruzalém z hory Olivetské. Na objednávku Msgr. Bartoše tento obraz pro Biblické muzeum namaloval malíř židovského původu a brněnský rodák Ludwig Blum (nyní je obraz součástí klášterních sbírek). Muzeum nemělo dlouhého trvání, už v roce 1939 bylo uzavřeno, po válce krátce otevřeno, zaniklo v roce 1951.
Biblické muzeum v Kapitulní síni kláštera, 1938

Represe starobrněnských augustiniánů během 2. světové války
V průběhu nacistické okupace 1939–1945 zasahovali nacisté i vůči klášterům. Represi se nevyhnula ani starobrněnští augustiniáni.
Karel Fanfrdla, farář u sv. Augustina v Masarykově čtvrti – byl pro svoji protiněmeckou činnost Gestapem zatčen hned 1. 9. 1939 v Brně v rámci akce Albrecht der Erste. Vězněn byl na Špilberku, v Dachau, Buchenwaldu a znovu v Dachau, kde zůstal až do 29. dubna 1945.
Antonín Benedikt Švanda, farář v Brně-Lískovci, byl dne 2. 2. 1940 zatčen kvůli členství v ilegální organizaci Obrana národa a vězněn v Sušilových a Kounicových kolejích, poté v Breslau a do konce války v Dachau.
V roce 1943 bylo na základě udání z protiněmeckého smýšlení a jednání, ukrývání klášterních cenností před německými úřady, přechovávání zbraní a poslechu západního rozhlasu zatčeno v klášteře 10 řeholníků a civilních pracovníků, kteří byli postaveni před nacistický soud. Z řeholníků to byl P. Otakar Alfons Zadražil, P. Josef Peška, P. Alois Přibyl, P. Florián Fulgenc Jančík.
Vrátný kláštera Martin Lukáš byl pro nedovolené přechovávání zbraní odsouzen k trestu smrti a 1. října 1943 popraven v sekyrárně pankrácké věznice v Praze. P. Otakar Alfons Zadražil byl odsouzen za nedovolené ozbrojování a poslech zahraničního rozhlasu k trestu smrti, byl převezen do pankrácké věznice a zde popraven stětím 22. února 1945. Další řeholníci a zaměstnanci kláštera dostali tresty několika měsíců vězení až 8 let káznice.
(Vladimír Černý - Gestapo proti katolické církvi, Zásah vůči opatství augustiniánů na Starém Brně a následné soudní spory)
Po převzetí moci komunisty v únoru 1948 proběhly celkem čtyři soudní procesy se starobrněnskými augustiniány, činnost řádu byla v roce 1950 zakázána.
1949 - soudní proces s P. Ignácem Karlem Fanfrdlou
Ignác Karel Fanfrdla po skončení války a návratu z koncentračního tábora Dachau zastával několik veřejných funkcí a získal řadu vyznamenání. Byl jmenován I. místopředsedou zemského národního výboru v Brně za Československou stranu lidovou. P. Fanfrdla byl zatčen Státní bezpečností 6. ledna 1949 pro podezření z protistátní činnosti. Státní bezpečnost se totiž domnívala, že je zapojen do ilegální lidovecké organizace. Jeho účast v této organizaci se však neprokázala a tak byl dále vyšetřován pouze ze zpronevěry. P. Fanfrdla měl zpronevěřit 100 000 Kčs, které mu, jak sám tvrdil, věnoval tehdejší náměstek předsedy vlády Jan Šrámek (resp. jeho tajemník dr. Pecháček). Tyto peníze byly určeny pro tělocvičnou jednotu Orel, ještě před jejím sloučením s tělocvičnou jednotou Sokol. Pokud by tuto částku nemohl použít pro účely Orla, měl s nimi naložit podle vlastního uvážení. Okresní soud v Brně ho 15. 6. 1949 odsoudil na dva roky do vězení za údajnou zpronevěru.
Ignác Karel Fanfrdla byl z vězení propuštěn dne 11. ledna 1950. Dne 11. ledna 1950 se vrátil na svou faru v Masarykově čtvrti do úřadu faráře. V roce 1961 byl donucen opustit svou farnost a stal se administrátorem v obci Kobylí. Ve stáří se vrátil do starobrněnské farnosti, bydlel ve farním domě (Salvehausu) na Mendlově náměstí.
1950 – vyklizení klášterů, průběh Akce K v augustiniánském klášteře na Starém Brně
Kláštery a jejich obyvatelé byli komunistickým režimem chápáni jako nepřátelé. Bylo rozhodnuto, že kláštery i řeholní domy budou vyklizeny a řeholníci izolováni a činnost řádů zakázána.
Dne 27. dubna 1950 došlo k vyklizení kláštera augustiniánů. V klášteře v této době žilo celkem 60 osob. Z toho bylo 14 duchovních a 3 klerici. Po 21. hodině byl klášter obsazen, augustiniáni byli odvezeni. Opat kláštera P. Benedikt Antonín Švanda byl převezen do internačního kláštera v Želivi, další augustiniáni byli soustředěni v Oseku či v Želivi.
Činnost řádu byla zastavena, řeholníci byli posláni do táborů PTP, umístěni do podřadných civilních profesí či vykonávali duchovní službu v jiných farnostech.
Klášterní budovy byly zabaveny a předány Ministerstvu vnitra, poté Archeologickému ústavu Československé akademie věd. Garáže byly předány Škodovým závodům v Adamově, věci z inventáře kláštera se prodaly. Klášterní knihovnu získala do správy Zemská knihovna. Veškerá duchovní činnost byla zúžena pouze na činnost farního úřadu při kostele Nanebevzetí Panny Marie.
Zničená klášterní zahrada se skleníkem v roce 1961

Takto vypadalo nádvoří „Rajské zahrady“ v roce 1962

1955 - soudní proces s P. Františkem Pavlem Šestákem
Jediný řeholník, který se shodou okolností vyhnul 27. dubna centralizaci augustiniánů, byl P. František Pavel Šesták, který právě zpovídal u kapucínů a do kláštera se nevrátil. Až do srpna 1954 se skrýval u sester Lhotských v Brně - Pekařská 44. Kvůli tomu stanul i s Annou a Miladou Lhotskými v únoru 1955 před Lidovým soudem v Brně a byl odsouzen za nepřátelské jednání proti republice a maření dozoru nad církvemi a náboženskými společnostmi. P. Šesták byl odsouzen na 18 měsíců a A. a M. Lhotské na 8 měsíců odnětí svobody. P. Šesták byl na amnestii z vězení propuštěn 11. května 1955. Po propuštění byl zaměstnán jako dělník v Kovopodniku města Brna. Dne 15. září 1956 mu byl udělen souhlas k návratu do duchovní správy. V září 1956 se přestěhoval do Rajhradu, kde působil do roku 1960 jako kooperátor.
1960 - soudní proces Bera a spol.
Třetí ze soudních procesů se starobrněnskými augustiniány, tzv. proces Bera a spol. proběhl v roce 1960. Ze šesti obviněných byli čtyři řeholníci augustiniánského řádu - Augustin Miroslav Bera, Řehoř Josef Papež, Fulgenc Florián Jančík a Štěpán František Peška.
Údajná trestná činnost obviněných řeholníků začala po jejich propuštění z centralizačního kláštera v Oseku, řeholníci byli po propuštění umístěni do farností v blízkosti Brna a tak se mohli často scházet, zejména ve svém bývalém klášteře na Starém Brně. Zde společně vedli rozhovory, jejichž témata se týkala např. osudů ostatních spolubratrů nebo československé církevní politiky. Dále navštěvovali opata P. Švandu, který žil v Charitním kněžském ústavu na Moravci, a také se snažili věnovat práci s mládeží. Slovy soudce tak pokračovali v řeholním životě, za což měli být potrestáni. Obviněni byli z nepřátelství k lidově demokratickému zřízení v Československu. Hlavní líčení se konalo u Krajského soudu v Brně ve dnech 19. až 21. prosince 1960. Všichni obžalovaní byli uznáni vinnými trestným činem podvracení republiky. Miroslav Bera byl odsouzen k trestu odnětí svobody v trvání 7 let. Josef Papež k trestu odnětí svobody na 2 a půl roku, Florián Jančík na 3 roky, František Peška na 2 a čtvrt roku.
1961 - soudní proces Šesták a spol.
Posledním ze čtveřice soudních procesů s augustiniány je tzv. proces Šesták a spol., jenž začal vyšetřováním v listopadu 1960 a ukončen byl soudem v březnu 1961. Pětičlenná skupina se skládala ze tří bývalých augustiniánů – P. Františka Pavla Šestáka, P. Tomáše Josefa Martince, P. Františka Josefa Gabriela, a dvou diecézních kněží. Údajná trestná činnost těchto obviněných řeholníků měla hodně společného s předchozím procesem Bera a spol. Augustiniáni ze skupiny Šesták a spol. byli totiž rovněž souzeni v podstatě za pokračování v řádovém životě. I oni se setkávali, hovořili o tehdejších poměrech v katolické církvi, navštěvovali opata P. Švandu na Moravci, snažili se nábožensky vychovávat mládež. Při hlavním líčení, které se konalo 13. a 14. března 1961 u Krajského soudu v Brně, P. Šesták byl odsouzen k trestu odnětí svobody na dobu 3 let, P. Gabriel na dobu 2 let, P. Martinec také na dobu 2 let.
Všichni odsouzení z těchto procesů byli v letech 1969-70 a po roce 1990 rehabilitování, žel, mnozí se toho již nedožili.
(Bc. Simona Mátlová - Soudní procesy s brněnskými augustiniány po roce 1948 (magisterská diplomová práce na MU – 2015)
V roce 1965 byl v prostorách bývalého refektáře kláštera otevřen Mendelův památník – Mendelianum.
Mimořádný význam chrámu Panny Marie na Starém Brně byl potvrzen papežem Janem Pavlem II., který mu udělil 6. října 1987 čestný titul Bazilika Minor. Tímto rozhodnutím papež ukázal na duchovní bohatství a neustále tryskající pramen Božích milostí na tomto místě.
Kopie papežského breve a jeho překlad

Roku 1990 byl chrám i s přilehlým klášterem znovu vrácen řádu augustiniánů-eremitů a po 40 letech byla obnovena činnosti řádu. Začínají rozsáhlé opravy klášterního areálu, které trvají dodnes.
Současnost
Dnes tvoří řeholní komunitu bratři augustiniáni v mezinárodním složení a vytváří živou farnost s pravidelnými bohoslužbami, výukou náboženství, prací s mládeží i dospělými.
Od roku 2007 je v přízemí kláštera v prostorách bývalého Mendeliana umístěno Mendelovo muzeum Masarykovy univerzity, klenoty kláštera je možno vidět v Muzeu starobrněnského opatství.
Areál starobrněnského kláštera s vyznačenými stavebními etapami

