Křížová kaple
Křížová kaple vznikla pod obnovenou hudební kruchtou při novogotické přestavbě v letech 1900-1901 dle projektu architekta Richarda Jordana. Do tohoto prostoru bylo roku 1903 umístěno 14 zastavení křížové cesty, těchto 14 dřevořezeb z limbového dřeva znázorňuje výjevy z umučení Krista. Autorem tohoto díla z roku 1890 je Johann Grissemann z Imstu v Tyrolsku, původně byly tyto dřevořezby křížové cesty umístěny na bočních stěnách zadní části hlavní lodi, ale po dostavbě hudební kruchty získala své definitivní uplatnění v tomto komorním, liturgicky uzavřeném prostoru. Jako samostatná kaple se začal tento prostor užívat až po instalaci obětního stolu v 80. letech 20. století, od roku 2018 je zde nový obětní stůl i svatostánek, od roku 2020 i varhany.
Křížová kaple
Kaple Božího hrobu
Kaple Božího hrobu (též kaple Pražského Jezulátka) patří do posledních stavebních úprav cisterciaček před zrušením řádu Josefem II. koncem 18. století na severní straně kostela. Je dílem Františka Antonína Grimma. Vznikla na čtvercovém půdorysu v barokním slohu na místě starší obdélné kaple. Zastropena je kupolovou klenbou. Její oltář je sestaven z různých částí, pocházejících z 18. století: skříňový nástavec je z počátku 18. století, adorující andělé z 60. let 18. století. V oltářním stole je socha Ježíše, položená v hrobě, proto se kaple využívá od Velkého pátku až do Bílé soboty jako tzv. „Boží hrob“. Pražské Jezulátko na oltáři je od sochaře Josefa Proseckého z počátku 20. století. V kapli je umístěna také polychromovaná dřevěná socha sv. Aloise z roku 1891, autorem je Johann Winkler z Innsbrucku.
Velmi zajímavým barokním prvkem jsou dveře v levé nice za oltářem kopírující tvar oblé niky. Dveře vedou do prostor bývalé sakristie.
Nad kaplí byla na konci 19. století postavena oratoř s okny do kostela, venkovní vzhled přístavby byl ve stejnou dobu upraven Augustem Prokopem.
Kaple Božího hrobu
Kaple sv. Augustina
Kaple sv. Augustina vznikla částečným zazděním původní gotické křížové chodby ze 14. století dle návrhu Ing. Vladimíra Fischera, profesora Vysoké školy technické a byla vysvěcena 3. 12. 1936. Na oltáři je obraz sv. Augustina, kopie obrazu od Karla Škréty. V kapli jsou zachované kamenné konzoly původní gotické křížové chodby.
Na boční stěně je umístěn obraz od Josefa Rottera, znázorňující Pannu Marii v doprovodu zakladatelů a prvních opatů kláštera v Citeaux — sv. Roberta z Molesme, oblečeného v původním černém (benediktinském) řádovém oděvu, sv. Albericha, jenž zavedl používání cisterciáckého bílého oděvu, a sv. Štěpána Hardinga. Scéna představuje legendární zázračné předání bílého řádového oděvu s černým škapulířem Pannou Marií mnichům modlícím se v chóru během vigilií.
Kaple sv. Augustina
