Klášterní areál je vymezen dvěma ohradními zdmi. Severní cihlová zeď (rekonstruovaná, zčásti ještě pozdně středověká, zčásti barokní) vymezuje klášterní obvod proti kopci. Novější jižní zeď ze druhé poloviny 19. století naopak ohrazuje klášter proti dnešnímu Mendlovu náměstí. Směrem k ulici Pekařské je dnes areál otevřený. Původně byl i zde vymezen zdí a později hospodářskými a správními budovami; do jeho vnitřního náměstí se vstupovalo pozdně barokním portálem. Ústřední stavbou v celém areálu zůstává dodnes přirozeně bazilika Nanebevzetí Panny Marie.
Mariánský sloup
Na prostranství před bazilikou je možné mezi stromy spatřit Mariánský sloup. Byl sem umístěn v roce 1951 po přestavbě starobrněnského centra. Původně stával na prostranství na ulici Křížová na jižní straně nynějšího Mendlova náměstí. Na sloupu byl nápis s chronogramem určující jako dobu vzniku rok 1680. Sloup byl tehdy postaven starobrněnskou obcí jako votivní dar za ochranu proti moru. Na hlavici sloupu jsou zřetelné čtyři nápisy v medailoncích: Salva infirmorum (spása nemocných), Auxilium Christianorum (pomoc křesťanů), Refugium Pecatorum (útočiště hříšníků), Consolatrix afflictorum (utěšitelka sklíčených). Sloup byl později renovován, a to vždy, když se v okolí objevila zákeřná nemoc: nejprve roku 1728 a později v letech 1798 a 1850. Poslední úpravu provedl roku 1879 sochař Josef Dressler. Jeho kresba pro renovaci je zachována v městském archivu.
Detail mariánského sloupu

Probošství
K chrámu přiléhají ze tří stran klášterní budovy. Na jižní straně je budova barokního cisterciáckého proboštství, kterou postavil před rokem 1737 brněnský architekt a zednický mistr Mořic Grimm. Po převzetí kláštera augustiniány bylo proboštství přeměněno na budovu fary a sídlo představených kláštera. V ose ústředního rizalitu je do průčelní niky vložena socha sv. Augustina.
Klášterní budovy, v popředí barokní budova probošství

Klášterní zahrada
Trojdílnou bránou v ohradní zdi vejdeme z Mendlova náměstí do parku, upraveného z původní zahrady v západní části klášterního areálu a dále se tudy dostaneme do zahrad v severní části na svahu kopce.
Na ploše parku se nachází novodobá rekonstrukce Mendelova skleníku z roku 2020. Stavba ze skla a oceli od architektů studia Chybík + Krištof zachovává půdorys i orientaci původního skleníku, stojí na základech stavby, kterou nechal roku 1854 postavit tehdejší opat Cyril František Napp a která sloužila Gregoru Johannu Mendelovi k jeho přírodovědným pozorováním a pokusům. Po poškození skleníku vichřicí v roce 1870 byl skleník sice opraven, ale po zrušení kláštera byl v roce 1961 zbourán.
Při vstupu do parku se objeví v přímém pohledu průčelí starého konventu, raně barokní stavby cisterciáckého kláštera, postavené roku 1663 po zničení původního kláštera Švédy. Připomíná to erb abatyše Zuzany Obigailové s letopočtem nad průjezdem.
Erb abatyše Zuzany Obigailové z roku 1663

Napravo od starého konventu je budova prelatury, kterou postavili augustiniáni po svém přestěhování do původně ženského kláštera. Podle projektu Jana Amona byl do roku 1805 vystavěn nový trakt s refektářem v přízemí a s knihovnou v patře. Význam knihovního křídla je vyznačen navenek architektonickými články. Směrem do zahrady jsou v patře pozdně barokní vysoká okna, na opačné straně je fasáda zdobena pilastry s dórským kládím a kasulovým oknem ve štítu pod hodinovou věží. Na tuto budovu navázalo v pravém úhlu další křídlo, spojující tuto část s bývalým proboštstvím.
Pomník G. J. Mendela, za ním starý konvent, vpravo budova prelatury

V zadní částí zahrady vedle starého konventu je umístěn pomník Gregora Johanna Mendela od vídeňského sochaře Theodora Charlemonta z roku 1910. Původně stával na Mendlově náměstí v parku před klášterem, při přestavbě Starého Brna v 60. letech 20. století však byl přemístěn na současné místo.
Pomník G. J. Mendela od Theodora Charlemonta

V parku stojí také památník s reliéfem Františka Matouše Klácela od pražské sochařky Milady Othové z roku 1977 a pomník německým spoluobčanům, kteří byli odsunuti po druhé světové válce z Brna, vybudovaný krajanským spolkem brněnských Němců „Bruna“ roku 1995.
Pomník odsunutým brněnským Němcům

Směrem na sever a severovýchod se kolem kláštera rozkládá zahrada. Na vyvýšené části při ohradní zídce je vyznačeno místo původní oranžérie, vybudované v letech 1855–1856 za opata C. F. Nappa. Stala se zahradní pracovnou Gregora Mendela i oblíbeným místem jeho odpočinku a přijímání přátelských návštěv. Po zrušení kláštera od 50. let minulého století stavba postupně chátrala, v roce 1972 vyhořela, a nakonec byla stržena.
V blízkosti jsou připomenuty Mendelovy výzkumy meteorologické, a ještě dále na sever ve svahu zahrad je rekonstruovaný Mendelův včelín s malou pracovnou z roku 1871.
Mendelův včelín
Vstup na prohlídku klášterních budov je možný vchodem do dnešního Mendelova muzea Masarykovy univerzity.
Mendelovo muzeum
Moderním vchodem, upraveným v 60. letech, se z předzahrádky dostaneme do Mendelova muzea, které se nachází v přízemí prelatury, bývalých prostorách kuchyně a dalších místností spojovacího křídla. V expozici o G. J. Mendelovi jsou k vidění originální předměty, které patřily „otci genetiky“, jeho vysvědčení ze studií, knihy nebo pomůcky k výuce. Nachází se zde i rukopis Mendelovy stěžejní práce Versuche über Pflanzenhybriden (Pokusy s rostlinnými hybridy).
Mendelovo muzeum – osobní věci G. J. Mendela

Refektář
V sousedství muzea je vchod do refektáře. Je zaklenut valenou klenbou s výsečemi, nově byl upraven na počátku 20. století. Jeho klenba spolu s čelní stěnou a kamny je pokryta pozoruhodnou secesní výzdobou, kterou vytvořili roku 1910 pražští Myslbekovi žáci, sochaři a štukatéři Karel Novák (1871—1955) a Josef Václav Pekárek (1873—1930).
Secesní výzdoba čelní stěny refektáře

Knihovna
Podobně jako v původním klášteře u sv. Tomáše je rovněž na Starém Brně v patře nad zimním refektářem umístěna knihovna o stejném půdorysu. Ta byla vybavena knihovními skříněmi přenesenými na toto místo z původního kláštera. Na jejich vytvoření se ve čtyřicátých letech 18. století podílel původem dolnorakouský řezbář Bernard (rodným jménem Leopold) Stettner, jenž v roce 1737 vstoupil do brněnského augustiniánského kláštera jako laický bratr. Pracoval na nich společně se sochařem Josefem Leonardem Weberem a pozlacovačem Tomášem Svobodou.
Otevřené police na skříňových podnožích přerušují pouze okna a vstupní portál. Plochy skříní pokrývá bohatá ornamentální intarzie a plastické rozety s listovými úponky. Dveře a koutové niky obestupují sloupy. Výzdobu knihovny tvoří čtrnáct vyřezávaných kartuší s reliéfy se čtyřmi evangelisty (sv. Jan, sv. Lukáš, sv. Marek, sv. Matouš), čtyřmi církevními otci (sv. Řehoř, sv. Jeroným, sv. Ambrož, sv. Augustin) a personifikacemi věd a umění (Rétorika, Hudba, Malířství a Sochařství, Dramatická umění a Astronomie, Civilní architektura, Vojenské stavitelství). Reliéfy doplňují v rozích sálu dřevořezby mužských představitelů čtyř světových říší z Danielova proroctví (Nabuchodonosor/ Babylón; Dareios/Persie; Alexandr Veliký/Řecko; Augustus/Řím), reprezentujících jednu ze stěžejních idejí a stavebních kamenů eschatologické vize západního císařství. Nad nimi se nacházejí: na římse skříní v rozích sálu personifikace patrně Božské prozřetelnosti, Božské moudrosti, Doctriny/Vědy a Historie; na římse nad okny andílci se symboly kardinálních ctností (Mírnost, Moudrost, Spravedlnost, a Statečnost); a po stranách vstupních dveří personifikace starozákonní a novozákonní církve —postavy Mojžíše a římského papeže.
Klášterní knihovna od řezbáře Bernarda Stettnera

V knihovních skříních byla umístěna většina z rozsáhlé augustiniánské knihovny, která v polovině 18. století obsahovala okolo 4000 svazků včetně řady cenných rukopisů a tisků. Tato unikátní knihovna byla později rozšířena o další čtyři sály, přístupné za skrytým vchodem.
Augustiniáni měli v minulosti největší knižní fond v Brně; dnes je jen jeho menší díl uložen v hlavním knihovním sále. Fond byl budován od vzniku kláštera, nejstarší jeho rukopis pochází dokonce z poloviny 13. století. Přinesli jej spolu s dalšími knihami řádoví bratři z Itálie; některé folianty pak vznikaly přímo v klášteře. Knihovna se rozrůstala nákupy jednotlivých svazků i celých souborů. Mnohé se tam dostalo po zrušení jezuitského řádu roku 1773, něco málo i z dalších klášterů zrušených císařem Josefem II.
Knihovna představuje uzavřený celek asi o 27 000 svazcích. Jsou mezi nimi rukopisy, mnohé prvotisky (nejstarší tištěná díly z časového období mezi vynálezem knihtisku kolem roku 1450 a koncem 15. století - 234 ks svazků), staré tisky i vzácné edice ze 16. století (1400 svazků) i z pozdější doby, vybavené grafickými ilustracemi. Některé knihy mají původní vazby, jiné dostaly uniformní vzhled jednotnými převazbami za éry opata Pertschera. Zastoupena jsou i encyklopedická díla ze všech dob. Jen menší část knih je teologických. Převážně přírodo – a společenskovědní tematika zřetelně vyjadřuje intelektuální zaměření členů brněnské komunity zvláště v 19. století, kdy se mnozí řeholníci vynikajícím způsobem zapojili do literárního, osvětového, společenského, politického, národně obrozeneckého a v neposlední řadě i do vědeckého života Moravy a v nejednom směru přesáhli daleko její hranice.
Klášterní knihovna, vstup je ozdoben erby opatů

Muzeum starobrněnského opatství
V budově kláštera je umístěno rovněž Muzeum starobrněnského opatství, které ukazuje bohatost sbírek augustiniánského řádu a starobrněnského kláštera. Tvoří jej galerie středověkého, raně novověkého, barokního i novějšího umění.
Při stěhování na Staré Brno si augustiniáni vzali s sebou i soubor barokních uměleckých děl, z nichž většina zdobí zdejší obrazárnu, která je umístěna v bývalém dormitáři cisterciaček.
V klenotnici s mimořádnou gotickou osmidílnou klenbou nalezneme velmi vzácné opatské insignie a klenoty, jsou zde též zachovány dvoje pozdně gotické dveře ze železných plátů. Bohatou sbírku liturgického nádobí a rouch si můžeme prohlédnout i v dalších prostorách muzea.
Klenotnice kláštera v Muzeu starobrněnského opatství

V galerii muzea můžeme vidět i monumentální obraz Jeruzalém z hory Olivetské o rozměrech 2×8 metrů. Na objednávku Msgr. Bartoše tento obraz pro zdejší Biblické muzeum namaloval malíř židovského původu a brněnský rodák Ludwig Blum
Obraz Jeruzalém z hory Olivetské od Ludwiga Bluma

V Muzeu starobrněnského opatství se nachází i místnost, která přibližuje každodenní život Gregora Johanna Mendela ve zdejším starobrněnském klášteře. Je zde nejen jeho původní nábytek, slavnostní roucho a insignie, ale také jeho osobní potřeby, skleničky, společenské hry, psací potřeby, tabatěrka a další zajímavosti.
Rajský dvůr
Rajský dvůr s ambity je nejstarší část kláštera, byl vybudován při založení kláštera cisterciaček královnou Alžbětou Rejčkou v roce 1323. Původně byla tzv. Křížová chodba po celém obvodu, z této se vstupovalo do kostela, Kapitulní síně či refektáře. Torzo původních budov je dobře patrno, neboť jejich kamenné obvodní zdi z červeného lomového kamene se zachovaly v západní části křížové chodby i s původními úzkými okny se široce rozevřenými špaletami.
Rajský dvůr – jeho barokní úprava i dochované gotické kamenné konzoly


Dnešní zaklenutí křížové chodby valenou klenbou s výsečemi je již z období pozdějších barokních přestaveb, pozůstatky původní gotické klenby můžete vidět na klenebních konzolách v zachovaných částech chodby. Každá konzola má jiný motiv – zvířecí či figurální.
Po vybudování nových klášterních budov cisterciaček v 17. století, a zvláště po příchodu augustiniánů r. 1783 byly některé části ubourány, z Rajského dvora se stal hospodářský dvůr se sklady, dílnami, stodolami, stájemi, bytem správce, v 19. století zde byla zřízena lisovna. Tento prostor byl upravován i koncem 19. století, kdy byl v sousedství chrámové lodi v patře vybudován sál. Ambity byly zazděny a použity jako sklady, garáže, prádelna či kanceláře. Část křížové chodby byla proměněna na kapli sv. Augustina.
Po zrušení kláštera v 2. polovině 20. století byl Rajský dvůr zastavěn garážemi a stal se skladištěm. Návratem Augustiniánů po roce 1990 prochází rajský dvůr velkou opravou se snahou navrátit prostoru alespoň částečně původní charakter. Přístavby byla zbourány, část Křížové chodby byla zrekonstruována a prostor nádvoří byl zatravněn. Původní studna byla nahrazena fontánou. Dnes tento prostor slouží k pořádání společenských akcí.
Na stěnách chodby jsou umístěny v bazilice nalezené náhrobní dlaždice řeholnic a náhrobní kámen převorky Korduly Wagnerové s německy psaným textem: „Zde leží pochována ctihodná panna Kordula Wagnerová z Jihlavy, která v 10. letech svého věku vstoupila do řádu a pak jako převorka tohoto slavného domu Božího svůj život a stáří do 117 let křesťansky a zbožně trávila a v pondělí po sv. Matouši blažené v Pánu zesnula. Ji a všem nám nechť je dopřáno radostného vzkříšení. Amen, Roku 1569“. Je zde i náhrobek významného měšťana Patra Rybáře s textem: „Léta Páně 1405 zemřel Petr Rybář (Petrus Piscator) o vigilii sv. Prokopa (24.března). Modlete se za něho“.
Náhrobek Petra Rybáře z roku 1405

Ve východní části chodby je dnes umístěn originál sousoší Panny Marie s Ježíškem od Ferdinanda Pfaundlera z Mariánského sloupu na nám. Svobody z let 1679–1683, v severní části chodby je socha sv. Jana Nepomuckého z roku 1718, která byla původně umístěna u vodního náhonu na ulici Pekařská.
Socha P. Marie s Ježíškem
Uprostřed východní části dvora je barokní průjezd s vraty, nad kterými je zvenku umístěn kamenný erb opata Cyrila Františka Nappa s letopočtem 1848. V průjezdu je vstup do Kapitulní síně.
Kapitulní síň
Kapitulní síň cisterciaček sloužila pro setkávání řeholní komunity. Původně byla sklenutá na střední pilíř, z důvodu devastace síně v průběhu století se dochovala jen dvojice gotických oken, část klenebních žeber a původní vstup do síně. Současné zastropení pochází z 30. let 20. století, kdy zde bylo umístěno Bartošovo biblické muzeum, dodatečně bylo upraveno počátkem 90. let. Nyní slouží Kapitulní síň k výstavám či koncertní činnosti.
Kapitulní síň cisterciaček

Gotický portál vstupu do Kapitulní síně

Za pozornost stojí i zasklení původních gotických oken z roku 1938, na kterých jsou vitráže s obrazy Alžběty Rejčky a latinským citátem ze Zbraslavské kroniky, týkajících se zakladatelky kláštera:
„Královně této, Bože, dej dary léku.
Učiň, aby očištěna od provinění byla blažena.
Učiň, aby se radovala a k svatým byla přidružena.
Pokoj budiž ji vždy a místo svatého odpočinku“.
Vitráže v oknech Kapitulní síně


